Die Überwachung der Betriebe erfolgt nach vier wesentlichen Elementen:

Durch Inaugenscheinnahme der Räume überzeugt sich der Kontrolleur von dem Hygienestatus des Betriebes:

- Sauberkeit und Hygienezustand des Betriebes bzw. der Betriebsräume

- Baulicher Zustand

- Zustand der Gegenstände und Arbeitsgerätschaften, mit welchen Lebensmittel behandelt werden

- Umgang mit Lebensmitteln (Lagerung, Kühlung)

- Bearbeitung, Verarbeitung und Zubereitung von Lebensmitteln

- Schutz- und Arbeitskleidung des Personals

- Zustand der Personaltoiletten und Personalräume

Die Probennahme erfolgt risikoorientiert auf der Grundlage von Probenplänen der Länder, des Bundes und der EU, aber auch bei Verdachtsmomenten, denn viele Gefahren, die durch den Verzehr von Lebensmitteln entstehen, sind meist nur durch gezielte Laboruntersuchungen zu ermitteln.

Eine wichtige Pflicht jedes Lebensmittelunternehmers ist die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit der Lebensmittel. Er muss dem Kontrolleur nachweisen können, woher er wann welche Waren bezogen hat, zu welchen Produkten sie ggf. verarbeitet wurden und an wen die Lebensmittel abgegeben wurden (letzteres entfällt beim Einzelhändler).

Für einige Geräte und Maschinen, wie z. B. Getränkeschankanlagen oder Kühlräume in Fleischereien, ist die regelmäßige eigenbetriebliche Überprüfung und Dokumentation vorgeschrieben. Anhand der Aufzeichnungen lässt sich dann die Einhaltung der Kühlkette nachweisen.

Nach den Vorschriften des Lebensmittelhygienerechts ist jeder Unternehmer, der Lebensmittel in den Verkehr bringt, verpflichtet, ein Eigenkontrollsystem nach den Grundsätzen des HACCP einzurichten und die Ergebnisse zu dokumentieren.

HACCP ist eine Abkürzung des amerikanischen Begriffs: „Hazard Analysis of Critical Control Points“ und bedeutet: „Gefahrenanalyse an kritischen Kontroll-/Steuerungspunkten“. Dieses System beinhaltet die Ermittlung von Gesundheitsgefährdungen und die Steuerung der kritischen Punkte, an denen diese Gefährdungen auftreten können.

- Betriebe überprüfen

- Proben entnehmen

- Geschäftsunterlagen einsehen und Auskünfte fordern

- Verwarnungsgelder erheben

- Sicherstellungen durchführen

- Beschlagnahmen und sofortige Betriebsschließungen veranlassen

- Wohnräume betreten (Grundrecht wird eingeschränkt - Art. 13 Grundgesetz)